本发明属于微机电系统(MEMS)领域,涉及一种低成本微纳一体化结构的制作方法。其特征是利用侧墙工艺制作出纳米硅模具,再利用剥离工艺制作出微米石英模具,然后通过类似紫外纳米压印的方法,将紫外固化光刻胶旋涂在纳米硅模具上,将微米石英模具与光刻胶接触并施压力,经过曝光、显影后得到微纳一体化结构。最后,通过PDMS与光刻胶Si-O-Si共价键合对结构进行封装,进而实现了微纳一体化结构的制作。本发明采用侧墙工艺制作纳米模具,采用双模具通过紫外纳米压印方式制作微纳一体化结构,并利用共价键合实现结构封装,其制作工艺简单、成本低、工艺重复性好并且容易实现。