第一章 总则
第一条 为了保障《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》确定的民口科技重大专项（以下简称“重大专项”）的组织实施，规范和加强重大专项资金管理，根据《国务院办公厅关于印发组织实施科技重大专项若干工作规则的通知》及国家有关财政财务管理制度，结合重大专项管理特点，制定本办法。
第二条 重大专项的资金来源坚持多元化原则，包括中央财政资金、地方财政资金、单位自筹资金以及从其他渠道获得的资金。各种渠道获得的资金都应当按照“专款专用、单独核算、注重绩效”的原则使用和管理。
本办法主要规范中央财政安排的重大专项资金（以下简称“重大专项资金”）的使用和管理。其他来源的资金应当按照相关资金提供方对资金使用和管理的具体要求，统筹安排和使用。
第三条 重大专项资金主要用于支持中国大陆境内具有独立法人资格，各重大专项领导小组批准承担重大专项任务的科研院所、高等院校、企业等，开展重大专项实施过程中市场机制不能有效配置资源的基础性和公益性研究，以及企业竞争前的共性技术和重大关键技术研究开发等公共科技活动，并对重大技术装备进入市场的产业化前期工作予以适当支持。
第四条 结合重大专项组织实施的要求和项目（课题）的特点，采取前补助、后补助等财政支持方式。
对于基础性和公益性研究，以及重大共性关键技术研究、开发、集成等公共科技活动，一般采取前补助方式支持。对于具有明确的、可考核的产品目标和产业化目标的项目（课题），以及具有相同研发目标和任务、并由多个单位分别开展研发的项目（课题），一般采取后补助方式支持。
具体支持方式，由牵头组织单位结合项目（课题）特点和承担单位性质在编制实施计划时明确，经领导小组审核后，作为科技部、发展改革委和财政部（以下简称“三部门”）综合平衡的内容之一。
第五条 重大专项资金纳入国库单一账户体系，实行国库集中支付。资金支付纳入国库动态监控体系管理。
第二章 管理机构与职责
第六条 按照重大专项的组织管理体系，重大专项资金实行分级管理，分级负责。三部门、财政部、重大专项领导小组、牵头组织单位和项目（课题）承担单位根据各自职责，分别负责重大专项资金管理的相关工作。
第七条 财政部、科技部、发展改革委共同研究制定重大专项资金管理办法；开展实施计划综合平衡工作，统筹协调重大专项与科技计划、国家重大工程以及存量科技资源的关系，作为预算编制和审核的前提和基础。
第八条 财政部根据重大专项资金管理办法和三部门综合平衡意见，组织重大专项预算评审并核批重大专项项目（课题）总预算和年度预算；指导和督查预算执行情况，审核、批复重大专项实施中的重大预算调整；审核、批复重大专项决算等。
第九条 领导小组负责协调牵头组织单位编制重大专项项目（课题）总预算和年度预算，与牵头组织单位共同落实中央财政资金以外其他渠道资金及相关配套条件，组织开展重大专项资金的监督与检查等相关工作。
第十条 牵头组织单位是重大专项资金管理的责任主体，负责组织项目（课题）承担单位编报重大专项项目（课题）总预算和年度预算；按规定程序审核汇总项目（课题）总预算和年度预算建议方案；会同领导小组落实中央财政资金以外其他渠道资金及相关配套条件；负责建立符合重大专项特点的重大专项资金内部监管机制，保证重大专项资金使用的规范性、安全性和有效性；对重大专项实施中的重大预算调整提出建议，按规定审核项目（课题）预算执行中的一般性调整；组织项目（课题）承担单位编报重大专项资金决算，报告资金使用情况；组织进行财务验收等。
第十一条 项目（课题）承担单位是项目（课题）经费使用和管理的责任主体，负责编制和执行所承担的重大专项项目（课题）预算；按规定使用和管理重大专项资金；落实单位自筹资金及其他配套条件；严格执行各项财务规章制度并接受监督检查和验收；编报重大专项资金决算，报告资金使用情况等。
第三章 资金核定方式及开支范围
第十二条 重大专项资金由项目（课题）经费、不可预见费和管理工作经费组成，分别核定与管理。
第十三条 重大专项项目（课题）经费由直接费用和间接费用组成。
（一）直接费用是指在项目（课题）实施过程（包括研究、中间试验试制等阶段）中发生的与之直接相关的费用。主要包括：
1. 设备费：是指在项目（课题）实施过程中购置或试制专用仪器设备，对现有仪器设备进行升级改造，以及租赁使用外单位仪器设备而发生的费用。各项目（课题）承担单位应当严格控制设备购置费支出。对于使用重大专项资金购置的单台/套/件价格在200万元以上的仪器设备，应当按照《中央级新购大型科学仪器设备联合评议工作管理办法（试行）》的有关规定执行。
2. 材料费：是指在项目（课题）实施过程中由于消耗各种必需的原材料、辅助材料等低值易耗品而发生的采购、运输、装卸和整理等费用。
3. 测试化验加工费：是指在项目（课题）实施过程中由于承担单位自身的技术、工艺和设备等条件的限制，必须支付给外单位（包括项目和课题承担单位内部独立经济核算单位）的检验、测试、设计、化验及加工等费用。
4. 燃料动力费：是指在项目（课题）实施过程中相关大型仪器设备、专用科学装置等运行发生的可以单独计量的水、电、气、燃料消耗费用等。
5. 差旅费：是指在项目（课题）实施过程中开展科学实验（试验）、科学考察、业务调研、学术交流等所发生的外埠差旅费、市内交通费用等。差旅费的开支标准应当按照国家有关规定执行。
6. 会议费：是指在项目（课题）实施过程中为组织开展相关的学术研讨、咨询以及协调任务等活动而发生的会议费用。应当参照国家有关规定，严格控制会议数量、规模、开支标准和会期。
7. 国际合作与交流费：是指在项目（课题）实施过程中相关人员出国及外国专家来华工作而发生的费用。国际合作与交流费应当执行国家外事经费管理的有关规定。
8. 出版/文献/信息传播/知识产权事务费：是指在项目（课题）实施过程中，需要支付的出版费、资料费、专用软件购买费、文献检索费、专业通信费、专利申请及其他知识产权事务等费用。
9. 劳务费：是指在项目（课题）实施过程中支付给项目（课题）组成人员中没有工资性收入的相关研发人员（如在校研究生等）和临时聘用人员等的劳务性费用。项目（课题）承担单位聘用的参与重大专项研究任务的优秀高校毕业生在聘用期内所需的劳务性费用和有关社会保险费补助，可以在劳务费中列支。
10. 专家咨询费：是指在项目（课题）实施过程中支付给临时聘请的咨询专家的费用。专家咨询费不得支付给参与重大专项项目（课题）研究及其管理相关的工作人员。专家咨询费的开支标准见下表：
