为规范水专项资金管理，提高资金使用效率，保障水专项的顺利实施，国家水专项办就进一步加强重大专项资金使用和管理提出了若干意见：
一、进一步明确责任，健全制度。课题承担单位应按照“专款专用、单独核算、注重绩效”的原则，建立健全各项财务管理制度，包括预算管理、资金管理、合同管理、政府采购、审批报销、资产管理等内部控制制度，规范专项资金管理。
二、进一步提高预算质量。中央财政资金不得层层转拨，拨付仅限定到课题参加单位。课题承担单位应严格按照预算批复和合同书要求在中央财政资金下达后10个工作日内下拨。对于预算报送超过规定时间节点的课题，该年度不予启动。对预算编报粗糙、执行情况不好及违反财政财务制度的课题，给予通报批评。
三、进一步规范资金垫付和归垫管理。课题承担单位应尽量避免中央财政资金垫付行为的产生。特殊情况确需垫付的，须事先向相关牵头组织部门提交垫付申请，待财政部批准后方可进行资金垫付。课题承担单位应据实提交资金归垫申请，不得提供虚假材料，如发现有虚列开支、伪造合同、编造借款事由等骗取归垫资金情形的，拒绝归垫；情节严重的，对课题承担单位予以通报批评或取消其承担课题的资格。
四、认真做好财务验收工作，财务验收应在任务合同规定完成时间到期后六个月内完成。不能按期完成任务的，需提出延期验收申请，说明延期理由和延期时间，按规定程序报相关牵头组织部门批准。延期时间一般不超过一年。课题承担单位组织财务验收所需经费，在课题经费的间接费中列支。课题承担单位应当按要求及时提交财务验收申请报告及相关材料，并积极配合完成财务验收相关工作。对于多个单位联合承担的课题，参加单位应在承担单位的统一组织下，配合做好验收工作。课题通过验收后一个月内，课题承担单位应当办理完毕财务结账手续。课题经费如有结余，应当按照相关财政财务制度处理。课题承担单位应积极配合编写财务验收报告以报送财政部。到期无故不申请验收、验收未通过的课题，该课题负责人不得再申报水专项课题，该课题承担单位5年内不得再申报水专项课题。在财务验收过程中发现弄虚作假，截留、挪用、挤占专项资金等行为，按照有关规定追究相关责任人和单位的责任；触犯刑律的，移交司法机关依法追究刑事责任。
五、进一步强化日常监管。课题承担单位应按年度开展自查报告，根据自查结果编制自查报告和年度财务决算报告，于次年3月20日前报送。经课题承担单位签章、项目承担单位审核汇总后报送水专项相关牵头组织部门，并报课题所在省（自治区、直辖市）环保、住房城乡建设主管部门备案。国家水专项每年对水专项资金使用情况进行日常督察、抽查、绩效评价。督查、抽查、绩效评价的结果，将作为课题承担单位预算安排、按进度核拨经费和财务验收的重要依据。
